导读
湖南农业大学（香港中文大学）*成团队在TrendsinPlantScience期刊发表题为“牛津纳米孔技术:植物基因组学研究的革命（OxfordNanoporeTechnology:revolutionizinggenomicsresearchinplants）”的文章。
主要内容
牛津纳米孔技术（OxfordNanoporeTechnology，ONT）是最有前途的长读长（long-read）技术之一，能够产生超长读长，这种技术可以克服短读长遇到的问题，如:表征结构变异和高度重复的区域。ONT通过检测与通过纳米孔的每个核苷酸的特征对应的离子电流信号的变化，记录了天然DNA和RNA的各种碱基和修饰。ONT使研究人员能够以前所未有的方式探索植物基因组、转录组和表观基因组。优点：ONT可以产生超长读长（高达4Mb），特别适合组装大型和高度重复的植物基因组。通过对全长RNA转录物进行测序，ONT可以在异构体水平上进行精确定量和完整的转录组表征。天然DNA和RNA的直接测序允许同时识别碱基修饰和核苷酸序列。ONT通过在文库制备过程中省略PCR扩增步骤，实现了单分子的实时测序，避免了PCR扩增偏差。ONT平台为便携式、可扩展、经济高效和高通量测序提供了新方法，对于低收入社区或现场应用非常有用。挑战：需要改进纳米孔化学和碱基调用算法来提高信噪比。为了成功进行ONT测序，需要更有效的方法从植物中分离完整的高分子量DNA和RNA。为了减少运算时间，提高装配的完整性、正确性和连续性，需要更快、更精确的长读长汇编程序。纳米孔长读长是理想的，不仅用于组装大型和复杂的植物基因组，而且还用于表征RNA的转录异构体和表达水平。此外，ONT可以用于检测天然DNA和RNA的表观遗传修饰，这将为我们理解植物基因组增加一个新的维度。ONT平台和算法正在迅速发展，使人们能够更深入地了解植物生物学和进化，并促进知识导向的植物育种。
作者简介
通讯作者简介：*成，湖南农业大学讲师；香港中文大学，博士后（香江学者）。湖南省玉米工程技术研究中心骨干成员。研究方向为玉米重要驯化、抗逆位点的基因克隆和分子调控机理解析。以第一作者在PNAS和JournalofIntegrativePlantBiology等刊物发表SCI论文2篇，以参与作者在CurrentBiology、MolecularPlant、NewPhytologist、MolecularBreeding等刊物发表SCI论文7篇，以通讯作者发表中文核心期刊论文4篇，授权国家发明专利2项，主持国家级、省级和校级科研项目8项。
撰稿：胡纯妍
排版：曾镜羽
点击下方蓝字阅读原文
来源：TrendsinPlantScience，仅用于学术分享，版权属于原作者。如有侵权，请联系我们，我们将及时删除。
欢迎
